1. เอนไซม์จากอาหาร (Food Enzyme)
คือ เอนไซม์ที่พบได้ในอาหารสดและดิบทุกชนิดทั้งจากพืชและจากสัตว์ โดยจะช่วยย่อยอาหารที่เรารับประทานเข้าไป แต่ถ้าอาหารผ่านความร้อนที่สูงเกิน 47 องศาเซลเซียส เอนไซม์จะถูกทำลายได้ง่าย และอาจไม่มีหลงเหลือในอาหารแล้ว ดังนั้นอาหารที่ยังมีเอนไซม์หลงเหลืออยู่จึงเป็นจำพวกผัก
ผลไม้ และเนื้อสัตว์ที่รับประทานดิบได้ เช่น ปลาดิบ เป็นต้น
2. เอนไซม์ย่อยอาหาร (Digestive Enzyme)
คือ เอนไซม์ที่ผลิตขึ้นมาจากร่างกาย ส่วนใหญ่ผลิตมาจากตับอ่อน เพื่อใช้ในการย่อยอาหารและดูดซึมสารอาหารที่เรารับประทานเข้าไป
3. เอนไซม์ในการเผาผลาญพลังงาน (Metabolic Enzyme)
คือ เอนไซม์ที่ผลิตในเซลล์และเนื้อเยื่อต่าง ๆ ในร่างกาย ทำหน้าที่เร่งปฏิกิริยาเคมีเพื่อช่วยในการเผาผลาญสารอาหารและสร้างพลังงาน สร้างภูมิต้านทาน และเสริมสร้างการเจริญเติบโตของร่างกาย รวมไปถึงช่วยซ่อมแซมส่วนที่สึกหรอของอวัยวะต่าง
ๆ